Tra le svariate bellezze al suo interno è custodita l’arca reliquiario di S. Teodoro d’Amasea, con lastre sbalzate in argento e lo sciamito in seta che custodiva le reliquie del Santo, probabilmente giunti a Brindisi in occasione delle nozze di Federico II con Jolanda di Brienne. Importantissima testimonianza storica è la pergamena datata 1219 e firmata dallo stesso imperatore, mentre particolare interesse desta l’Idria in marmo serpentino relativa al miracolo delle nozze di Canan.